Все луки страдают от луковой мухи. Она откладывает яички у основания листьев лука. Из яичек образуются личинки, которые въедаются в середину луковицы, отчего рост се останавливается, листья увядают и луковица гибнет.
Для борьбы с луковой мухой необходимо удалять и уничтожать заболевшие луковицы, применять плодосмен, проводить зяблевую вспашку, растения опыливать табачной пылью и известью, посыпать землю у основания луковиц опилками, пропитанными креолиновым маслом (5 кг креолинового масла на 100 кг опилок).
Из болезней лука самой распространенной является ложная мучнистая роса лука. Листья, пораженные болезнью, желтеют и засыхают, луковицы же останавливаются в росте или вовсе погибают.
Болезнь распространяется вместе с посадочным материалом. Поэтому перед посадкой луковицы рекомендуется выдержать около 8-10 часов в помещении с сухим нагретым до 40° воздухом, это не вредит луковицам, но губит грибницу. При хранении лук очень сильно повреждается луковым клещиком и серой луковой гнилью. Основные меры борьбы дезинфекция хранилищ. В хранилище нельзя допускать резких колебаний температуры и особенно осаждения на луковицы воды в капельножидком состоянии, вследствие чего лук поражается шейковой гнилью. В качестве мер борьбы рекомендуется опыливание мелом.